إن فقدان التوافق بين الفاعلين السياسيين والقوى المؤثرة في القرار السياسي أدى إلى تعطيل خطط الحكومة في هذا المجال مما يؤدي إلى تشكل اضطراب الأمن الوطني في ليبيا تحديا للمسار السياسي.
وقد أدى التركيز على معالجة الأمن الوطني إلى التأخير في إيجاد آليات لتطوير العملية السياسية الحكومية في مواجهة الإخلال الأمني نظرا لتعقد الوضع في ليبيا سببه إهمال الأمن الوطني.
ومن العوامل الأساسية التي هزت الأمن الوطني وتأثيره على العملية السياسية وهي مرحلة انتخاب المؤتمر الوطني حيث تم في هذه المرحلة أنشاء جهاز الأمن من خلال تغير مسمى الشرطة إلى الأمن الوطني، وبعدها تشكيل اللجنة الأمنية العليا المؤقتة، عليه فأنه من المؤكد تردي الأمن الوطني بسبب عرقلة في المسار السياسي حيث أثاره أصبحت واضحة للجميع من ناحية ردود الفعل الغريبة على ما يجري في ليبيا بشكل عام والتهديدات المباشرة و غير المباشرة لمصالح مندوبي تلك الدول لذا نقول بعد هذه التجارب المدفوعة الثمن أن القاعدة الأساسية في أنشاء عملية سياسية له قواعد تحميها، يجب وضع حجر الأساس المتين وهو إنشاء أو التركيز على الأمن الوطني القوي .